醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘精品課程，GEO、TCGA、Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)

158資源整合網(wǎng)：醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘精品課程，GEO、TCGA、Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù) 培訓(xùn)課程視頻內(nèi)容介紹：

本系列課程將以視頻的方式跟大家一起交流數(shù)據(jù)挖掘的神奇之處，用R軟件和perl帶大家玩轉(zhuǎn)基因數(shù)據(jù)，從最簡(jiǎn)單的數(shù)據(jù)下載到最后我們繪制一張5年生存率，這桌饕餮盛宴，一定符合大家的口味。

目前市面上較少有系統(tǒng)的數(shù)據(jù)挖掘方面的視頻，很多資料也是零零散散，我們將其進(jìn)行整理，按照挖掘的一般流程跟大家進(jìn)行講解，整個(gè)思路將會(huì)非常清晰。

現(xiàn)在分析基因數(shù)據(jù)的軟件非常多，有些有文獻(xiàn)支持，有些有點(diǎn)山寨、對(duì)于很多初學(xué)者其實(shí)非常不容易選擇。我們不僅會(huì)在第二講中會(huì)講GEO的一些在線(xiàn)工具，更多地我們選擇目前最常用，也是最經(jīng)典的兩種編程軟件，R和PERL跟大家進(jìn)行講解。這兩種軟件也是目前功能非常最為強(qiáng)大的編程工具，幾乎可以解決數(shù)據(jù)挖掘方面的絕大部分操作。其中用R軟件做出的可視化效果非常好，不是一般普通軟件可以替代，而且可以進(jìn)行不斷加工和優(yōu)化。其次，編程的代碼已經(jīng)幫大家整理好，大家并不需要擔(dān)心自己不會(huì)編程，只要照著視頻做，一般不會(huì)有太大問(wèn)題。我們也會(huì)在群里跟大家陸續(xù)分享一些R的學(xué)習(xí)視頻，供大家學(xué)習(xí)。

我們“醫(yī)學(xué)方”設(shè)有討論群，群里的同志們也是臥虎藏龍，很多操作上的問(wèn)題可以及時(shí)在群里進(jìn)行討論，達(dá)到事半功倍的效果。

另外我們的豪斯醫(yī)生會(huì)繼續(xù)通過(guò)“醫(yī)學(xué)方”的公眾平臺(tái)向大家推送關(guān)于數(shù)據(jù)挖掘方面的文章，學(xué)有余力的學(xué)員可以在視頻的基礎(chǔ)上繼續(xù)挖深。

現(xiàn)在數(shù)據(jù)庫(kù)有很多，我們這次課程主要選擇了GEO和TCGA，分別是當(dāng)前最全面的數(shù)據(jù)庫(kù)和最大的腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)，掌握這兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，可以幫助大家解決科研方面很多問(wèn)題。

最后一點(diǎn)，我們此次的教學(xué)目的很簡(jiǎn)單，不提倡走馬觀花地學(xué)習(xí)各種數(shù)據(jù)庫(kù)，而是踏踏實(shí)實(shí)將這兩個(gè)重要的數(shù)據(jù)庫(kù)的操作講解給大家聽(tīng)。我們保證這套視頻都是實(shí)實(shí)在在的干貨，只講學(xué)員最為關(guān)心的內(nèi)容，不會(huì)穿插與課程不相關(guān)的內(nèi)容。

醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘精品課程，GEO、TCGA、Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù) 課程內(nèi)容目錄：

1、數(shù)據(jù)挖掘概述
2、GEO在線(xiàn)工具的應(yīng)用
3、GEO數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)質(zhì)量分析
4、原始數(shù)據(jù)預(yù)處理
5、尋找差異基因及制作熱圖和火山圖
6、G○富集分析
7、KEGG分析
8、蛋白互作網(wǎng)絡(luò)
9、TCGA數(shù)據(jù)下載
10、TCGA數(shù)據(jù)整理和基因注釋
11、尋找差異基因和制作5年生存率.
12、Oncomine概述及Meta分析
13、Oncomine之差異分析及共表達(dá)分析